Chi tiết tin - Sở Khoa học và Công nghệ

Tin tức - Sự kiện: Tin trong nước

Ngày đăng: 14-07-2023

Phát triển ứng dụng xác định các gene chỉ thị sinh học về ung thư

Tiến sĩ Trần Tiến Dũng (Phòng thí nghiệm Các hệ thống phức hợp và tin sinh học, ĐH Công nghiệp Hà Nội) và cộng sự đã phát triển một ứng dụng nguồn mở mang tên C-Biomarker.net có thể xác định được các gene chỉ thị sinh học ung thư từ lõi của vô số các mạng lưới sinh học phân tử.

Hình minh họa.

Từ nhiều năm nay, có nhiều nghiên cứu cho thấy có thể tìm thấy các gene chỉ thị sinh học giúp dò được ung thư giai đoạn sớm trong các mạng lưới sinh học phân tử. Tuy vậy không có công cụ nào phù hợp để tìm được các gene mang chỉ thị sinh học ung thư từ vô số các mạng lưới sinh học. Do đó, TS. Trần Tiến Dũng và cộng sự đã thiết kế và hoàn thiện phần mềm C-Biomarker.net dựa trên các thuật toán song song để có thể vận hành trên các thiết bị tính toán hiệu năng cao.

Họ đã thử nghiệm phần mềm của mình trên vô số mạng lưới có kích thước khác nhau và tìm thấy kích thước phù hợp cho mỗi mode điều hành trên CPU hoặc GPU. Sau đó, họ thử phần mềm này trên 17 đường truyền tín hiệu ung thư khác nhau và kết quả đạt 70,59% trên ba nốt nằm tại lõi bên trong mỗi đường truyền có các gene chỉ thị sinh học về ung thư. Tương tự, phần mềm này cho kết quả 100% 10 nốt tại các vùng lõi của mạng lưới Điều tiết gene người (HGR) và mạng tương tác Protein-Protein người (HPPI), vốn là những chỉ thị sinh học đa ung thư. Khi so sánh với phần mềm của các nhà nghiên cứu khác, họ nhận thấy phần mềm họ phát triển vượt trội hơn về kết quả dự đoán. Để có được sự đánh giá sâu rộng của giới khoa học, họ đã đưa phần mềm của mình lên trang github.com/trantd/C-Biomarker.net.

Kết quả nghiên cứu “C-Biomarker.net: A Cytoscape app for the identification of cancer biomarker genes from cores of large biomolecular networks” được xuất bản trên tạp chí Biosystems.

https://khoahocphattrien.vn/